Nuestro Instituto es un centro de reciente creación. Su funcionamiento comienza el 1 de julio de 2001, y comienza a prestar sus servicios educativos en el curso 2001-02.
Aunque el Instituto tiene una corta historia, el edificio donde se ubica si tiene una dilatada existencia. Es una construcción singular vinculada a la historia de la localidad de Fontiveros y a la figura de San Juan de la Cruz. Se trata del convento de Carmelitas Descalzos que se fundó en 1726 con motivo de la canonización de Fray Juan de Yepes, San Juan de la Cruz, y que se levantó sobre el solar que ocupo la casa donde en 1542 nació el Santo.
El primitivo conjunto monacal, previo al actual, estaba formado por una ermita construida entre los años 1679 y 1680 después de la beatificación del Santo (1675), cuyo cuidado y servicio de culto quedó encargado entre los años 1680 y 1721 al vecino convento de Duruelo, primer convento carmelita fundado por San Juan de la Cruz. Ésta ermita ya celebraba su fiesta anual en diciembre. Además se contaba con tres casas donadas por devotos que formaban una pequeña plaza y unos terrenos con vistas a la construcción de una futura edificación más amplia.
La primera piedra del actual edificio se puso el 30 de junio de 1721. La edificación es un buen ejemplo de la última arquitectura carmelitana del siglo XVIII al igual de los conventos de Alba de Tormes y Padrón, caracterizados por su austeridad y sencillez y sobriedad.
Después de más de 150 años en que este lugar tuvo dedicación conventual, en 1835 el convento fue suprimido por el gobierno de la época en la conocida desamortización de Mendizábal, pasando el edificio a tener desde entonces diversos usos civiles a lo largo de casi otros dos siglos, siendo palacio residencial, cuartel de la Guardia Civil, servicio de telégrafos y teléfonos, escuelas, …, periodo en el cual sufrió sucesivas rehabilitaciones.
Al final del siglo XX el conjunto está formado por una capilla que mantiene culto, cuyo aspecto actual se debe a la reforma efectuada en 1873, edificada sobre el solar que ocupó la casa natal del Santo, y el edificio del antiguo Convento Carmelita que es propiedad Municipal y alberga el Colegio Comarcal Mixto de Fontiveros, donde se han formado desde hace décadas los jóvenes de Fontiveros y de varios pueblos cercanos. El 7 de mayo de 1998 el Ayuntamiento de la localidad cede al Ministerio de Educación y Cultura la finca urbana y edificio del antiguo convento para su rehabilitación y transformación en Instituto de Educación Secundaria, y así ampliar y adecuar la oferta educativa en la comarca al nuevo modelo de enseñanzas. Los alumnos de educación primaria pasan a ocupar un edificio anexo existente al otro lado del patio junto a la C/ del Carmen, que también se ha ampliado y adecuado con anterioridad, y se transforma en Colegio de Educación Infantil y Primaria.
El edificio del antiguo convento, a pesar de su antigüedad, estaba bien conservado. La reforma respetó y realzó los valores arquitectónicos existentes en la construcción original aunque siempre fue una edificación sencilla. Se rehabilitó y se elevó una nueva planta para contar con los espacios necesarios para el nuevo uso que le espera.
Una vez concluida la remodelación del edificio, el 1 de julio de 2001 comienza su actual actividad como instituro de secundaria. En marzo de 2003 el Claustro de Profesores propone el nombre de IESO San Juan de la Cruz para el nuevo instituto, siendo aprobada dicha denominación en el Consejo Escolar del centro el día 10 de abril de 2003. El 23 de enero de 2004 es inaugurado oficialmente en la visita que realizan al centro el Consejero de Educación de la Junta de Castilla y León D. Francisco Javier Álvarez Guisasola y el Director Provincial de Educación D. José Luis Rivas entre otras autoridades.
Durante el curso 2010/11 conmmemoramos el X aniversario del centro como Instituto de Secundaria.
